O Conselho de Direcção é um órgão colegial responsável por garantir a coordenação superior da gestão administrativa, académica, financeira e estratégica da Universidade. As suas competências variam conforme os estatutos, mas geralmente incluem:

1. Acompanhar a implementação das linhas estratégicas da Universidade, assegurando a articulação entre a Reitoria e as Unidades Orgânicas.

2. Analisar e emitir pareceres sobre planos, relatórios e propostas de iniciativas académicas, administrativas e financeiras, antes da sua submissão aos órgãos competentes.

3. Apoiar a Reitoria na coordenação e supervisão das atividades académicas, de investigação, extensão e gestão administrativa.

4. Propor recomendações que contribuam para a melhoria do funcionamento das Faculdades, Extensões e Unidades Orgânicas.

5. Promover a partilha de informação e boas práticas, reforçando a comunicação interna e a cooperação entre os diferentes níveis da Universidade.

6. Acompanhar o desenvolvimento de projetos estratégicos, nacionais e internacionais, em que a UCM esteja envolvida.

7. Identificar desafios e necessidades da comunidade académica e encaminhar recomendações à Reitoria e ao Conselho Universitário.

8. Servir de fórum consultivo para assuntos de gestão académica, científica, administrativa e social de interesse institucional.